ย้อนกลับไปเมื่อปี 2012 เกิดเหตุการณ์สุดช็อกแฟนฟุตบอลศรีสะเกษ เอฟซี เมื่อสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยประกาศว่า สโมสรศรีสะเกษ เอฟซี จะเปลี่ยนชื่อสโมสรเป็นอีสาน ยูไนเต็ด พร้อมย้ายสนามเหย้าไปอยู่ที่จังหวัดอุบลราชธานี ซึ่งในเวลานั้นสร้างความไม่พอใจให้กับแฟนฟุตบอลของทีมศรีสะเกษ เอฟซี จนถึงขั้นมีการประท้วงหน้าสนาม ซึ่งการแข่งขันในปี 2012 ก็จบลงไปโดยอีสาน ยูไนเต็ด มีผลงานจบอันดับที่ 5 ของตารางคะแนนไทยลีก
แต่ในปี 2013 เกิดข้อพิพาทถึงเรื่องสิทธิ์การทำทีม ซึ่งสโมสรศรีสะเกษ เอฟซี ได้เรียกร้องสิทธิ์การทำทีมคืนจากอีสาน ยูไนเต็ด ก่อนที่สมาคมกีฬาฟุตบอลฯ จะให้สิทธิ์ศรีสะเกษ เอฟซี ทำทีมลุยศึกไทยลีกในปีนั้น แต่ก็แข่งขันได้เพียง 3 นัดเท่านั้น ผู้บริหารฝั่งของอีสาน ยูไนเต็ด ได้ไปฟ้องศาลปกครองอุบลราชธานี ก่อนที่ศาลปกครองจะมีคำสั่งคุ้มครอง ทำให้ศรีสะเกษ เอฟซี ในปีนั้นต้องยุติการแข่งขันในไทยลีกและเหลือการแข่งขันเพียง 17 ทีม
จากนั้นปี 2014 ศรีสะเกษ เอฟซี ได้สิทธิ์ลงเล่นในลีกสูงสุดอีกครั้ง และลงเล่นในลีกสูงสุดมาโดยตลอด กระทั่งตกชั้นลงไปเล่นในศึกไทยลีก 2 ตั้งแต่ปี 2018 และปัจจุบันลงเล่นในไทยลีก 3 และพลาดการเลื่อนชั้นในฤดูกาล 2022/23
โดยในช่วงปลายปี 2016 ศาลปกครองศาลปกครองอุบลราชธานี มีคำพิพากษาให้เพิกถอนมติหรือคำสั่งของผู้ถูกฟ้องคดี (สมาคมกีฬาฟุตบอลฯ) ทำให้สิทธิการทำทีมกลับไปอยู่กับอีสาน ยูไนเต็ด แต่ก็ยังมีการยื่นเรื่องถึงศาลปกครองสูงสุดทำให้คดียืดเยื้อมาจนถึงปัจจุบัน
กระทั่งเมื่อช่วงสายวันนี้ (27 ก.ค.) ศาลปกครองอุบลราชธานี ศาลปกครองสูงสุด ได้นัดฟังคำพิพากษา กรณีสิทธิ์การทำทีมระหว่าง อีสาน ยูไนเต็ดกับ ศรีสะเกษ เอฟซี ซึ่งยาวนานกว่า 10 ปี โดยปรากฏว่า ศาลปกครองสูงสุดมีคำพิพากษา ให้สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยในพระบรมราชูปถัมป์ คืนสิทธิ์ ทีมฟุตบอล ศรีสะเกษ เอฟซี ให้ทีม อีสาน ยูไนเต็ด และชดใช้ค่าเสียหายให้ อีสาน ยูไนเต็ด เป็นจำนวนเงิน 18.5 ล้านบาท
