แม้ในช่วงหลัง มาเธอุส นูเนส ห้องเครื่อง แมนเชสเตอร์ ซิตี้ จะค่อย ๆ ได้รับโอกาสลงสนามกระทั่งได้ออกสตาร์ตตัวจริงในเกม UCL ที่เอาชนะ สโลวาน บราติสลาวา 4-0 แต่ดูเหมือนเจ้าตัวจะมีปัญหาที่ต้องสะสาง หลังมีสื่ออกมาแฉว่าเขาเคยถูกตำรวจควบคุมตัวเมื่อเดือนกันยายนที่ผ่านมา ด้วยข้อหาขโมยโทรศัพท์
หนังสือพิมพ์ชื่อดังของสเปนอย่าง El Mundo ได้ให้รายละเอียดเหตุการณ์การจับคุมตัว มาเธอุส นูเนส ว่าเกิดขึ้นในวันที่ 8 กันยายน 2024 เวลาประมาณ 05.30 น.ณ ลา ริเวียรา ไนท์คลับในกรุงมาดริด ซึ่งต้นเหตุมาจากการที่อดีตผู้เล่นวูล์ฟแฮมป์ตัน ถูกกล่าวหาว่าขโมยโทรศัพท์มือถือของชายคนหนึ่งที่พยายามถ่ายรูปเขาโดยไม่ได้รับความยินยอม ขณะอยู่ในห้องน้ำ
จากนั้นปรากฏว่าเจ้าหน้าที่ตำรวจเข้ามาควบคุมสถานการณ์และพบว่า มาเธอุส นูเนส ยังมีโทรศัพท์เครื่องดังกล่าวอยู่ในครอบครอง ซึ่งพยานผู้เห็นเหตุการณ์ยืนยันว่า นูเนส ถูกใส่กุญแจมือก่อนจะถูกนำตัวไปที่สถานีตำรวจแห่งชาติที่ตั้งอยู่ในเขตอาร์กันซูเอลา ของ มาดริด
ทว่าเพียงไม่กี่ชั่วโมงต่อมา มาเธอุส นูเนส ก็ได้รับการปล่อยตัว เนื่องจากตัวแทนทางกฎหมายของเขาได้ดำเนินการอย่างรวดเร็ว อย่างไรก็ดีเขาอาจต้องเข้ารับการพิจารณาคดีเร็ว ๆ นี้